La Bahía de Bluefields está fuertemente contaminada. Un estudio del especialista en temas medioambientales de la Bluefields, Indian and Caribbean University (BICU), Melvin Archibold, afirma que han encontrado diferentes tipos de parásitos en los peces de la bahía que podrían afectar la salud de los consumidores locales.
En 2013, la universidad ya había advertido el exceso de basura y residuos de agroquímicos en la Bahía, pero la contaminación no ha cesado y según el especialista hoy “la situación es muy alarmante”.
Además, la Bahía agoniza desde hace casi una década debido a que las cuatro microcuencas que la alimentan están amenazadas por el despale, la utilización de agroquímicos y por la contaminación que provocan los pobladores que viven en sus alrededores.
Las microcuencas Dead man creek (Caño El Muerto); Fátima; Miller Creek y Gun boat creek (Caño Cañonero) antes eran caudalosas. También la utilización de químicos para la agricultura y la ganadería se acumulan en los caños hacia el río Escondido y todo baja a la bahía. El transporte acuático también es otro contaminante.